O Tribunal tem por missão complementar e reforçar as funções da Comissão na promoção e defesa dos direitos, das liberdades e dos deveres do homem e dos povos nos Estados Membros da União Africana. A Comissão, sendo um organismo parajudicial, somente pode fazer recomendações enquanto o Tribunal toma decisões vinculativas.

O Tribunal é composto por onze (11) Juízes, cidadãos dos Estados Membros da União Africana, eleitos na sua qualidade individual. Os Juízes são eleitos pela Conferência dos Chefes de Estado e de Governo da União Africana para um mandato de seis (6) anos e podem ser reeleitos apenas uma vez. Para efeitos de continuidade, os primeiros Juízes são conferidos um mandato de dois, quatro e seis anos e, se são reeleitos, o seu segundo mandato será de seis anos. Todos os Juízes, com a excepção do Presidente, desempenham as suas funções a tempo parcial. O Tribunal reúne-se quatro vezes por ano em Sessão Ordinária, durante quatro semanas, e em Sessão Extraordinária, se necessário.

O Tribunal tem competência sobre todos os casos e litígios a si submetidos relacionados com a interpretação e a aplicação da Carta, do Protocolo e de quaisquer outros instrumentos de direitos humanos pertinentes ratificados pelos Estados em causa;

• Competência Consultiva
  O Tribunal pode, a pedido de um Estado Membro da União Africana, de qualquer um dos órgãos da União Africana ou de qualquer organização africana reconhecida pela União Africana, emitir um parecer sobre quaisquer questões de natureza jurídica relacionadas com a Carta ou com quaisquer outros instrumentos de direitos humanos pertinentes, desde que o objecto do parecer não esteja relacionado com uma questão que está a ser examinada pela Comissão.
• Competência em Matéria Contenciosa
  O Tribunal tem competência sobre todos os casos e litígios a si submetidos relacionados com a interpretação e a aplicação da Carta, do Protocolo e de quaisquer outros instrumentos de direitos humanos pertinentes ratificados pelos Estados em causa.
• Solução Consensual
  O Tribunal também tem competência para promover a solução consensual nos processos pendentes perante si, de acordo com as disposições da Carta.

• A Comissão Africana dos Direitos Humanos e dos Povos
• Um Estado Parte no Protocolo do Tribunal contra o qual tenha sido apresentada denúncia junto da Comissão
• Um Estado Parte no Protocolo do Tribunal cujo cidadão seja vítima de violação de direitos humanos
• Uma Organização Intergovernamental Africana
• Estados Partes no Protocolo do Tribunal com interesse em um caso podem ser autorizados pelo Tribunal a tomar parte no processo
• Organizações não-governamentais (ONGs) pertinentes com Estatuto de Observador perante a Comissão e indivíduos particulares podem instaurar processos directamente ao Tribunal, se o Estado Parte da sua origem tiver feito uma declaração para o efeito.

As línguas oficiais do Tribunal são as mesmas que as da União Africana. As línguas oficiais da União Africana estão estipuladas no Acto Constitutivo da União Africana como sendoo árabe, o inglês, o francês e o português.

As petições devem, nos termos das Regras 25ª e 34ª do Regimento Interno do Tribunal, ser apresentadas por correio postal, correio electrónico, fax ou correio expresso e dirigidas ao Secretário na Sede do Tribunal, em Arusha, na Tanzânia.
O Secretário tem sob sua guarda o selo e o carimbo oficiais do Tribunal, com os quais acusa oficialmente a recepção de qualquer petição submetida ao Tribunal. O termo “Secretário” é aqui usado na sua acepção mais lata: a de Gabinete da Secretaria ao invés de designar o titular ou funcionário. Porque, na ausência do titular do cargo, o escritório continuará em funcionamento.
Os candidatos devem enviar à Secretaria do Tribunal um requerimento rubricado, redigido em uma das línguas oficiais do Tribunal.

Relativamente a requerimentos de indivíduos particulares e ONGs, o pedido deve:
1.Revelar a identidade do requerente, mesmo que este tenha solicitado anonimato;
2.Estar em conformidade com o preceituado no Acto Constitutivo da União Africana e na Carta;
3.Não conter qualquer linguagem depreciativa ou insultuosa;
4.Não basear-se exclusivamente em notícias divulgadas através dos meios de comunicação;
5.Ser apresentada após terem sido esgotados todos os recursos do Direito Interno, se for o caso, a menos que seja óbvio que este processo é indevidamente prolongado;
6.Ser apresentado dentro de um prazo razoável a partir da data em que são esgotados os recursos do Direito Interno ou da data estipulada pelo Tribunal como sendo o início do prazo dentro do qual deve ser a si apresentada a matéria;
7.Não suscitar qualquer problema ou questões previamente resolvidas pelas partes, em conformidade com os princípios da Carta das Nações Unidas, do Acto Constitutivo da União Africana, das disposições da Carta ou de qualquer outro instrumento jurídico da União Africana.

Relativamente a requerimentos de indivíduos particulares e ONGs, o pedido deve:
1.Revelar a identidade do requerente, mesmo que este tenha solicitado anonimato;
2.Estar em conformidade com o preceituado no Acto Constitutivo da União Africana e na Carta;
3.Não conter qualquer linguagem depreciativa ou insultuosa;
4.Não basear-se exclusivamente em notícias divulgadas através dos meios de comunicação;
5.Ser apresentada após terem sido esgotados todos os recursos do Direito Interno, se for o caso, a menos que seja óbvio que este processo é indevidamente prolongado;
6.Ser apresentado dentro de um prazo razoável a partir da data em que são esgotados os recursos do Direito Interno ou da data estipulada pelo Tribunal como sendo o início do prazo dentro do qual deve ser a si apresentada a matéria;
7.Não suscitar qualquer problema ou questões previamente resolvidas pelas partes, em conformidade com os princípios da Carta das Nações Unidas, do Acto Constitutivo da União Africana, das disposições da Carta ou de qualquer outro instrumento jurídico da União Africana.

Além dos requisitos acima, os pedidos apresentados por indivíduos particulares e ONGs devem igualmente indicar o seguinte, aplicando-se isto também a pedidos apresentados por entidades que não sejam indivíduos particulares ou ONGs:
1.Os nomes e endereços das pessoas designadas como representantes do requerente;
2.Um resumo dos factos do caso e dos elementos de prova que irão ser apresentados;
3.Dados claros do requerente e da parte ou partes contra as quais a acção é intentada;
4.Especificação da alegada violação;
5.Prova de que foram esgotados todos os recursos do Direito Interno ou de que há um retardamento excessivo em tais vias de recurso internas;
6.A decisão judicial ou acção inibitória pretendida;
7.Nos casos em que um requerente, em seu próprio nome ou em nome da vítima, pretenda ser concedido reparação, o requerimento deve incluir o pedido de reparação.

The Court shall apply the provisions of the Charter and any other relevant human rights instruments ratified by the States concerned.

A Carta prevê que as fontes de direito aplicável para o acompanhamento da implementação da Carta são o Direito Internacional de direitos humanos e dos povos, em particular, as disposições dos diversos instrumentos africanos de direitos humanos e dos povos, da Carta das Nações Unidas, da Carta da Organização da Unidade Africana, do actual Acto Constitutivo da União Africana, da Declaração Universal dos Direitos Humanos, de outros instrumentos aprovados pelas Nações Unidas e pelos países africanos no campo dos direitos humano e dos povos, bem como as disposições de diversos instrumentos aprovados no âmbito das Agências Especializadas das Nações Unidas de que as partes na Carta são signatárias.

Quando o Tribunal conclui que houve uma violação dos direitos humanos e dos povos, irá emitir uma decisão judicial apropriada para corrigir a violação, incluindo o pagamento de justa indemnização ou reparação.

Em caso de extrema gravidade e urgência e quando necessário para evitar danos irreparáveis às pessoas, o Tribunal pode aprovar medidas provisórias conforme necessário.

Um exemplo de uma situação que exija a adopção de medidas provisórias é a iminência de execução de uma pena capital sem que tenha ainda sido esgotado o processo de apelação.

O Tribunal profere o acórdão no prazo de noventa (90) dias após a conclusão das suas deliberações.

A sua decisão é definitiva e não passível de recurso. No entanto, à luz de novos elementos de prova, que não eram do conhecimento de uma das partes no momento em que o acórdão foi proferido, uma das partes pode requerer o reexame da decisão.

O requerimento deve ser remetido no prazo de seis meses após a parte em questão ter tomado conhecimento da descoberta dos elementos de prova. O Tribunal pode também interpretar a sua própria decisão.

Nos termos do Artigo 2º do Protocolo, o Tribunal é criado a fim de complementar o mandato de protecção da Comissão.

A Comissão Africana pode apresentar casos ao Tribunal para este último analisar.

Em determinadas circunstâncias, o Tribunal pode também referir casos à Comissão e pode solicitar o parecer desta quando se tratar da admissibilidade de um processo.
O Tribunal e a Comissão reuniram-se e harmonizaram os seus Regimentos Internos respectivos e institucionalizaram a sua relação.

Segundo os dispositivos dos seus Regimentos, a Comissão e o Tribunal reúnem-se, pelo menos, uma vez por ano, para debater questões que dizem respeito ao seu relacionamento.

Até à data, o Tribunal Africano dos Direitos Humanos e dos Povos não tem competência para lidar com matéria penal como genocídio, crimes contra a humanidade, crimes de guerra, entre outros. Existe, porém, um projecto para se ter um Tribunal Africano pleno com competência alargada.
Na realidade, o Acto Constitutivo da União Africana prevê a criação de um Tribunal de Justiça da União Africana como principal órgão judicial da União Africana para a resolução de diferendos em relação à interpretação dos tratados da UA.Foi aprovado em Maputo, Moçambique, em Julho de 2003, um Protocolo que cria este Tribunal e que entrou em vigor em 11 de Fevereiro de 2009. Todavia, o Tribunal nunca foi operacionalizado porque a Conferência da União Africana decidiu que o mesmo deve ser fundido com o Tribunal Africano dos Direitos Humanos e dos Povos para formar o Tribunal Africano de Justiça e Direitos Humanos (TAfJDH). Subjacente a esta decisão é a preocupação em relação ao crescente número de instituições da UA, que a organização carece de recursos para sustentar.
Neste contexto, o Protocolo do Tribunal de Justiça foi consolidado com o Protocolo da Carta Africana dos Direitos Humanos e dos Povos relativo à Criação de um Tribunal Africano dos Direitos Humanos e dos Povos, de modo a se criar o Estatuto do Tribunal Africano de Justiça e Direitos Humanos. O Estatuto foi aprovado em Sharm El-Sheikh, Egipto, durante a 11ª Cimeira da Conferência da UA, realizada em Julho de 2008. Até Maio de 2012, apenas três Estados Membros da União Africana, isto é, Burkina Faso, Líbia e Mali, tinham ratificado o Protocolo.
Entretanto, em Fevereiro de 2009, a Conferência dos Chefes de Estado e de Governo da União Africana solicitou à Comissão da UA para «em coordenação com a Comissão Africana dos Direitos Humanos e dos Povos e com o Tribunal Africano dos Direitos Humanos e dos Povos, avaliar as implicações do reconhecimento da competência do Tribunal para julgar crimes internacionais, tais como genocídio, crimes contra a humanidade e crimes de guerra». Neste contexto, foi levado a cabo um estudo e elaborado um projecto de Protocolo relativo à criação de um Tribunal Africano de Justiça e Direitos Humanos com competências alargadas, que será examinado pela próxima Sessão Ordinária da Conferência dos Chefes de Estado e de Governo da União Africana.