تم إنشاء المحكمة بموجب المادة 1 من بروتوكول الميثاق الإفريقي لحقوق الإنسان والشعوب بشأن إنشاء محكمة إفريقية لحقوق الإنسان والشعوب (البروتوكول). وقد اعتمد البروتوكول المنشئ للمحكمة الإفريقية في 9 يونيو 998 في واجادوجو، بوركينا فاسو، وقد دخل البروتوكول حيز النفاذ في 25 يناير 2004 بعد أن صقت عليه 15 دولة إفريقية، وفقاً لنص المادة 34 (3) منه.
تطبق المحكمة أحكام الميثاق الإفريقي لحقوق الإنسان والشعوب (الميثاق الإفريقي) وغيره من صكوك حقوق الإنسان التي صادقت عليه الدول المعنية، وليس للمحكمة اختصاص جنائي مثل المحكمة الجنائية الدولية.
تستند المحكمة في قيمها الأساسية إلى الميثاق الأفريقي غيره من مبادئ حقوق الإنسان المعترف بها دولياً، وتعزيز سيادة القانون، وتواصل المحكمة تعزيز ودعم القيم الأساسية التالية:
- استقلال القضاء ونزاهته بين جميع المتقاضين والأطراف وأصحاب المصلحة.
- التطبيق والتفسير العادل والنزيه لأحكام الميثاق الأفريقي والبروتوكول والنظام الداخلي وغيرها من صكوك حقوق الإنسان الدولية ذات الصلة.
- المساءلة الشفافة والأخلاقية في جميع عمليات المحكمة
- دعم الحقوق الأساسية لكل فرد في التمتع بالحقوق المدنية والسياسية والاجتماعية والاقتصادية والثقافية .
- التعاون مع أصحاب المصلحة المعنيين لتحقيق هدف المحكمة المتمثل في حماية حقوق الإنسان والشعوب.
- عدم التمييز والمساواة في اداء عمل المحكمة
- نزاهة القضاة والموظفين العاملين بالمحكمة
- توفير الوصول المتكافئ لجميع المستخدمين المحتملين للمحكمة
- كن متجاوبًا مع احتياجات أولئك الذين يتقدمون إلى المحكمة.
تنبثق الأهداف الاستراتيجية للمحكمة للفترة التخطيطية 2021 – 2025 من ولاية المحكمة، وهي:
- تحسين الإجراءات القضائية .
- تعزيز التواصل والتعاون .
- تعزيز دول المحكمة المؤسسي.
رؤية المحكمة
رؤية المحكمة هي أن تكون أفريقيا ذات ثقافة حوق إنسان قابلة للتطبيق.

التصديق ولاإعلان
صادقت 54 دولة من أصل 55 دولة عضو في الاتحاد الأفريقي على الميثاق الأفريقي لحقوق الإنسان والشعوب أو انضمت إليه باستثناء المغرب.، والتزمت باحترام المبادئ المنصوص عليها فيه. صادقت 34 دولة فقط على البروتوكول حتى الآن، من بين هذه الدول، أودعت ثمانية (8) دول فقط الإعلان بموجب المادة 34 (6) من البروتوكول، والتي تقبل بموجبها اختصاص المحكمة بالنظر في الطلبات المقدمة من الأفراد يمكن للأفراد والمنظمات غير الحكومية . في حالة عدم وجود مثل هذا الإعلان ، يجب تقديم الطلب ضد الدول التي لم تصدر الإعلان إلى لجنة بانجول أولاً ، والتي يجوز لها – بعد الفحص الأولي – أن تقرر إحالة القضية إلى المحكمة. وقد صدقت الدول الـ 34 التالية على البروتوكول، قامت الدول المحددة باللون الأخضر أيضًا بإيداع الإعلان الخاص. الجزائر، بنين، بوركينا فاسو، بوروندي، الكاميرون، تشاد، كوت ديفوار، جزر القمر، الكونغو، الجابون، غامبيا، غانا، غينيا بيساو، كينيا، ليبيا، ليسوتو، مالي، ملاوي، مدغشقر، موزمبيق، موريتانيا، موريشيوس، نيجيريا، النيجر، جمهورية الكونغو، رواندا، الجمهورية العربية الصحراوية الديمقراطية، جنوب أفريقيا، السنغال، تنزانيا، توغو، تونس، أوغندا وزامبيا.
الدورات العادية
تعقد المحكمة دورات عادية، أربع مرات في السنة، وتستمر لمدة أربعة أسابيع ادة في مارس، مايو، سبتمر، ونوفمبر، كما تعقد دورات استثنائية عند الضرورة، وتعقد الدورات عادة في مقر المحكمة، ومع ذلك، يجوز للمحكمة أن تقرر عقد جلساتها في أي دولة عضو أخرى في الاتحاد الإفريقي.