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La Cour se compose de onze juges qui sont des ressortissants des États membres de l'Union africaine. Conformément aux articles 11 à 14 du Protocole, ils sont élus au vote secret par la Conférence des chefs d'État de l'Union africaine parmi des juristes jouissant d'une très haute autorité morale ainsi que d'une compétence et expérience juridique, judiciaire ou académique reconnue dans le domaine des droits de l'homme et des peuples.
Les premiers juges de la Cour africaine des droits de l'homme et des peuples ont été élus le 22 janvier 2006 lors de la huitième session ordinaire du Conseil exécutif de l'Union africaine, qui s'est tenue à Khartoum, au Soudan. Les onze juges ont prêté serment le 2 juillet 2006 lors de la septième session ordinaire du Sommet des chefs d'État et de gouvernement de l'Union africaine, réuni à Banjul, en Gambie.
Le Président de la Cour est le juge M. Jean Mutsinzi (Rwanda), le juge Sophia A.B. Akuffo (Ghana) exerçant quant à elle les fonctions de vice-présidente. Le Président et le vice-président sont élus pour un mandat de deux ans renouvelable une seule fois.
Les autres juges sont, par ordre de préséance, les juges El. Hadji Guissé (Sénégal), Kelello Justina Mafoso-Guni (Lesotho), Bernard Makgabo Ngoepe (Afrique du Sud), Hamdi Faraj Fanoush (Libye), Modibo Tounty Guindo (Mali), Gérard Niyungeko (Burundi), Fatsah Ouguergouz (Algérie), Joseph Nyamihana Mulenga (Ouganda) et Githu Muigai (Kenya).

Le juge Jean Mutsinzi
[ Le président de la Cour ] - Rwanda -
Le juge Jean MUTSINZI est originaire du Rwanda. Il a été élu pour un mandat de six ans. Nommé président de la Cour africaine pour un premier mandat de deux ans, il pourra être réélu en cette qualité pour un second et dernier mandat de deux ans.
Jean MUTSINZI est juge auprès de la Cour Suprême de Rwanda et est l'ancien président de la Cour Suprême et du Conseil supérieur de la magistrature du Rwanda. Il a été le Secrétaire de la Commission africaine des droits de l'homme et des peuples. Il est titulaire d'un doctorat en droit de l'université de Bruxelles, Belgique. Le juge Jean MUTSINZI a également été professeur de droit à l'université nationale du Zaïre et à l'université indépendante de Kigali.

La juge Sophia A. B. Akuffo
[ La vice-présidente de la Cour ] - Ghana -
La juge Sophia A. B. AKUFFO est originaire du Ghana et a été élue pour un mandat de deux ans. Au moment de son élection, elle exerçait la fonction de juge auprès de la Cour Suprême du Ghana et était membre de plusieurs organisations dont le Conseil consultatif de l'Institut de formation judiciaire du Commonwealth (CJEI). Elle exerce aussi actuellement les fonctions de vice-présidente de la Cour africaine et servira la Cour en cette qualité pour une durée de deux ans, ce mandat étant renouvelable une fois.
Ses publications incluent : The Application of Information & Communication Technology in the Judicial Process - The Ghanaian Experience, présenté à la réunion du Réseau judiciaire africain, Ghana (2002).

Le juge El Hadji Guissé
- Senegal -
Le juge El Hadji Guissé est originaire du Sénégal et a été élu pour un mandat de quatre ans. Il pratique le droit depuis 1970 et a été président de la Sous-commission de la lutte contre les mesures discriminatoires et de la protection des minorités des Nations unies. Il a aussi été président de la Cour d'Appel de Dakar, Sénégal.
Jusqu'à la date de son élection, il exerçait la fonction de Rapporteur spécial de la Sous-commission des Nations unies responsable de la promotion et de la protection des droits de l'homme et était chargé de procéder à une étude détaillée sur la relation existant entre la jouissance des droits économiques, sociaux et culturels et la promotion de la réalisation du droit à l'eau potable et à l'assainissement.

La juge Kelello Justina Mafoso-Guni
- Lesotho -
La juge Kelello Justina Mafoso-Guni est originaire du Lesotho. Elle a étudié le droit à l'Université du Lesotho et à Edimbourg. Elle est ensuite devenue Conseillère de la couronne auprès du royaume du Lesotho. Puis elle a quitté son pays pour intégrer la fonction publique britannique, où elle est restée 12 ans. Elle est ensuite retournée en Afrique où elle a occupé la fonction de magistrate au Zimbabwe pendant 12 ans. Elle a été la première femme à être nommée à la magistrature. Elle a ensuite quitté le Zimbabwe pour le Lesotho où elle a été nommée membre de la Haute Cour. Elle a été la première femme à avoir occupé cette fonction au royaume du Lesotho. Elle a été élue à la fonction de juge de la Cour africaine des droits de l'homme et des peuples. Elle a été choisie pour faire partie du groupe au mandat de quatre ans.

Le juge Bernard Makgabo Ngoepe
- Afrique du Sud -
Le juge Bernard Makgabo Ngoepe est originaire d'Afrique du Sud. En 2006, il a été nommé pour un premier mandat de deux ans, prorogé pour six années supplémentaires en 2008.
Après avoir été juge auprès de la Cour constitutionnelle d'Afrique du Sud (1995), il a occupé la même fonction auprès de la Cour suprême d'appel d'Afrique du Sud (1998). En 1996, il a été nommé Président du Conseil d'examen des infractions graves (Council of Review for Serious Offences) avant d'être reconduit à ce poste qu'il occupe encore aujourd'hui.
M. Ngoepe a également été juge (1995), puis juge-président (depuis 1999) de la Division provinciale du Transvaal de la Haute Cour d'Afrique du Sud.
M. Ngoepe a reçu plusieurs distinctions venues récompenser ses activités en faveur des droits de l'homme.

Le juge Hamdi Faraj Fanoush
- Libye -
Le juge Hamdi Faraj Fanoush est originaire de Libye. Juge de carrière et de formation, il est aujourd'hui juge en chef (Président) de la Cour d'appel de Tripoli et membre du Haut Conseil judiciaire libyen.
M. Fanoush a pour mission permanente la sensibilisation et la formation du système judiciaire libyen aux questions des droits de l'homme. Il poursuit également ses efforts de promotion des droits de l'homme dans son pays.
M. Fanoush a été ambassadeur de Libye entre 1984 et 1997.

Le juge Modibo Tounty Guindo
- Mali -
Le juge Modibo Tounty GUINDO est originaire du Mali et a été élu pour un mandat de six ans. Avant son entrée en fonction, il était conseiller technique au ministère de la Justice du Mali et a servi comme juge au Tribunal de première instance de Tombouctou au Mali.

Le juge Gérard Niyungeko
- Burundi -
Le juge Gérard Niyungeko est originaire du Burundi. Il a été élu pour un mandat de six ans.
Il est titulaire d'un doctorat en droit de l'université de Bruxelles, Belgique et a exercé la fonction de président de la Cour constitutionnelle du Burundi de 1992 à 1996. Il a également travaillé comme expert international dans le domaine juridique et dans celui des droits de l'homme pour le Programme des Nations unies pour le développement et est membre du Comité de rédaction du Groupe de recherches sur le développement démocratique, économique et social de l'Afrique. Au moment de son élection, il était professeur de droit à l'université officielle de Bujumbura au Burundi, où il était titulaire de la Chaire de l'UNESCO pour l'éducation à la paix et au règlement pacifique des conflits.
Il est l'auteur de plusieurs ouvrages, dont Les Droits de l'Homme, Cours destiné aux formateurs (1994).

Le juge Fatsah Ouguergouz
- Algérie -
De nationalité algérienne, Juge Fatsah Ouguergouz est licencié en droit de l'Université de Saint-Etienne (France) et titulaire d'un doctorat en droit international délivré par l'institut Universitaire de Hautes Etudes Internationales de Genève (Suisse). Jusqu'à novembre 2006, il était Secrétaire de la Cour internationale de Justice  (La Haye) où il a exercé douze années. Avant de rejoindre l'organe judiciaire principal des Nations Unies, il était Juriste au Bureau des affaires juridiques de l'Organisation des Nations Unies (New York), puis Spécialiste des droits de l'homme détaché au Rwanda par le Haut Commissaire des Nations Unies aux Droits de l'Homme (Genève). Juge Ouguergouz a enseigné le droit international public à la Faculté de droit de l'Université de Genève durant quatre années. Il a été chercheur associé (Orville H. Schell Fellow) à Yale Law School (New Haven, Connecticut, Etats-Unis d'Amérique), Professeur invité à l'Université Panthéon-Assas (Paris II, France) et Father Robert F. Drinan Professor of Human Rights à Georgetown University Law Center (Washington D.C., Etats-Unis d'Amérique). Il est régulièrement invité en qualité de conférencier occasionnel par de nombreuses universités, organisations internationales ou autres institutions telles que par exemple l'Institut international des droits de l'homme (Strasbourg, France) ou l'Institut des Nations Unies pour la Recherche et la Formation (UNITAR, Genève). Juge Ouguergouz est membre fondateur et Directeur exécutif de la Fondation Africaine pour le Droit International (La Haye), ainsi que Directeur adjoint de l'Annuaire Africain de Droit International. Il est également Membre du Conseil éditorial consultatif international de l'African Human Rights Law Journal (Centre for Human Rights, Université de Pretoria) et de l'International Law in Domestic Courts Online (Amsterdam/Oxford). Il est l'auteur de nombreuses publications dans le domaine du droit international, dont deux ouvrages: The African Charter on Human and Peoples' Rights - A Comprehensive Agenda for Human Dignity and Sustainable Democracy in Africa" (Nijhoff Publishers, 2003, 1016 pages) et La Charte Africaine des droits de l'homme et des peuples - Une approche juridique des droits de l'homme entre tradition et modernité (Presses Universitaires de France, 1993, 479 pages).

Le judge Joseph Nyamihana Mulenga
- Ouganda -
Le juge Joseph Nyamihana Mulenga est de nationalité Ougandaise et a été nommé à la Cour Africaine des Droits de l'Homme et des Peuples en Juillet 2008 pour un mandat de six ans. Il détient une maitrise en droit (LL.B.) de l'Université de Londres, et a été admis au Barreau de l'Angleterre par l'Honorable "Society of Middle Temple".

Il a d'abord travaillé dans le Département des poursuites publiques de l'Ouganda pendant quatre ans, et a occupé les postes de substituts du Procureur, et de Procureur de la République. Par la suite, il a travaillé comme avocat privée et pendant environ trois ans a été ministre de la Justice et Procureur général de la République de l'Ouganda.

En 1997, l'honorable Juge Mulenga a été nommé a la Cour suprême de l'Ouganda et en 2001, cumulativement a cette fonction il fût nommé à la Cour de justice de l'Afrique orientale (EACJ) pour un mandat de sept ans, au sein de cette juridiction, il a d'abord occupé les fonctions de Vice-Président, puis de Président. Il s'est retiré de ces deux cours en Octobre 2008.