يقع سجل المحكمة في مقرها الرئيسي في أروشا، تنزانيا، ويترأسه أمين السجل، والذي يتولى مسؤولية الإشراف والتنسيق لجميع العمليات والأنشطة في سجل المحكمة. وتشمل مهام أمين السجل، من ضمن ما تشمل، الحفاظ على قائمة بجميع القضايا، وإعداد محاضر جلسات المحكمة، وإخطار أطراف القضايا بقرارات المحكمة.
